Порядок установки и настройки Indeed Certificate Manager зависит от окружения, в котором планируется эксплуатировать систему. Данные системы Indeed CM могут храниться в Active Directory, в базе данных Microsoft SQL или PostgreSQL. Пользователи системы могут быть расположены в Active Directory и Центрах Регистрации КриптоПро УЦ 2.0. Для управления жизненным циклом персональных сертификатов пользователей Indeed CM может быть интегрирован с Microsoft Enterprise CA, КриптоПро УЦ 2.0 (в том числе, предоставляемых, как услуги УЦ компанией ООО "КРИПТО-ПРО"), КриптоПро DSS (в том числе, предоставляемых, как услуги СЭП компанией ООО "КРИПТО-ПРО") и Валидата УЦ.