Порядок установки и настройки Indeed Certificate Manager зависит от окружения, в котором планируется эксплуатировать систему. Данные системы Indeed CM могут храниться в Active Directory, в базе данных Microsoft SQL или PostgreSQL. Пользователи системы могут быть расположены в Active Directory и Центрах Регистрации КриптоПро УЦ 2.0.